J'ai enfin écrit une configuration nginx propre pour avoir un site statique et une appli php séparée dans un même vhost. Avant, j'utilisais un lien symbolique.. Mais il faut dire que ce ne fût pas trivial d'y parvenir. Voici ma config :

server {
        ...
        root /var/www/jeekajoo.eu;
        index index.html index.htm index.php;

        location / {
                access_log /var/log/nginx/jeekajoo.eu_access.log;
                error_log /var/log/nginx/jeekajoo.eu_error.log;
                try_files $uri $uri/ =404;
        }

        location /links {
                access_log /var/log/nginx/shaarli_access.log;
                error_log /var/log/nginx/shaarli_error.log;
                alias /var/www/shaarli;
                try_files $uri $uri/ @shaarli;
                location ~ \.php$ {
                        include conf.d/phpfpm;
                        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $request_filename;
                }
        }

        location @shaarli {
                rewrite /links/(.*)$ /links/index.php?/$1 last;
        }
}

2 changements majeurs par rapport à la configuration de l'auteur de l'article :

• J'ai viré le /index.php$is_args$args dans le try_files de location / {} et je l'ai remplacé par =404 qui sera la réponse de nginx si aucune ressource n'est trouvée.
• J'ai viré le bloc location ~ \.php$ {} qui n'est pas non plus nécessaire pour un site statique.

Ça donne ça :

• /** => /var/www/jeekajoo.eu : servi exclusivement par nginx.
• /links/** => /var/www/shaarli : servi par nginx et php-fpm.