Han!
Je savais pas qu'on pouvait changer les séparateurs de sed! Exemple d'utilisation:

JENKINS_HOME=/mnt/jenkins/data
sed -i "s|^JENKINS_HOME=.*|JENKINS_HOME=$JENKINS_HOME|" /etc/default/jenkins

Le sed remplace la valeur de JENKINS_HOME dans le fichier de conf, par la valeur de la variable d'environnement du même nom. Le fait qu'il y ait des "/" dans cette variable ne pose pas de problème à sed car on a choisi un autre type de séparateur ("|"). Donc pas besoin d'échapper ces caractères.