Utilisez pip pour désinstaller un packet installé avec un setup.py:
http://stackoverflow.com/a/12797865/1454127

On affiche la liste des paquets installés et reconnus par pip:

pip freeze

le nom du package peut être long et il apparait à la fin après #egg=.

Exemple de ligne pip freeze: -e hg+https://vlcinsky@bitbucket.org/vlcinsky/ttr.rdstmc@d61a9922920c508862602f7f39e496f7b99315f0#egg=ttr.rdstmc-dev

Le nom du package est 'ttr.rdstmc'.

On le désinstall avec pip uninstall

pip uninstall ttr.rdstmc

autre méthode plus crade mais qui marche (mais au moment de l'install il faudra avoir penser à enregistrer...)
python setup.py install --record files.txt
cat files.txt | xargs rm -rf